En tant que devops depuis + de 10ans, ton script PHP me surprend.
Pourquoi tu mets du bash/shell dans ton PHP (exec(...)) ?
T'as des fonctions PHP qui existent. Genre :

$dbh = new PDO('mysql:host=localhost;user=foo;password=bar;dbname=baz');
$statement = $dbh->query('SHOW DATABASES');
print_r( $statement->fetchAll() );

Ton sudo dans du PHP, c'est pas justifier.

Pour faire des dumps de BDD, je préfère un pure script bash.
En plus pour le coup, ça tien en 1 ligne.

mysqldump -p --databases ma_base > $(date +%F_%T)-dbname.sql

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